Le Secrétariat général est responsable de la coordination des services du ministère des Affaires étrangères et européennes ainsi que des missions diplomatiques et consulaires. Il a pour mission d’assurer, en étroite collaboration avec les 8 Directions du Département, la cohérence de la politique étrangère et de veiller au bon fonctionnement des missions diplomatiques et consulaires.
Le Secrétariat général assure encore la communication du ministère avec le Palais grand-ducal, la Chambre des députés, les autres Départements ministériels, le Conseil de gouvernement et les Administrations.
Parmi ses responsabilités, le Secrétariat général assure également la présidence, le secrétariat et la comptabilité du Comité de coordination pour l’installation d’institutions et d’organismes européens.
Au sein du Sécrétariat général, le Service juridique assure la gestion des dossiers et questions juridiques sous compétence du Ministère, plus particulièrement les questions de droit international public.
Lié au Service juridique, le Service des traités est prioritairement responsable de la procédure de ratification des traités internationaux par le Luxembourg, ceci en étroite collaboration avec les Départements ministériels et les Administrations susceptibles de fournir des informations nécessaires qui permettent de déclencher et de poursuivre la procédure d’approbation parlementaire d’un acte international.
En termes de communication, le Secrétariat général veille à une diffusion cohérente d’informations institutionnelles et ministérielles vers le grand public par le biais de divers canaux de communication. Afin de garantir une communication structurée, le Secrétariat général a établi une Cellule d’information et de communication (CIC), cellule qui se compose du Secrétaire général adjoint, du coordinateur général de la promotion de l’image de marque du Luxembourg, de l’attaché de presse du ministre ainsi que des agents en charge de la communication.
Le Secrétariat général assure encore la gestion de l’outil informatique et du site internet, des archives et du courrier, la sécurité du Ministère et des missions diplomatiques et consulaires.
Le 1er janvier 2020, la loi portant création de l'Office national de l'accueil (ONA) est entrée en vigueur. L’ONA est rattaché au Secrétariat général du ministère des Affaires étrangères et européennes, du ressort du Ministre ayant l’Asile dans ses attributions.